Taipei 101 to pierwszy tak wysoki budynek wzniesiony na obszarze potencjalnej wzmożonej aktywności sejsmicznej. Tajwan znajduje się pomiędzy dwoma wielkimi uskokami tektonicznymi, co czyni cały region niestabilnym. Ponadto bezpośrednio pod Tajpej biegną trzy niewielkie uskoki, na których dochodzi do setek mikrotrzęsień rocznie. Wpływ fal sejsmicznych na wysoki budynek może mieć katastrofalne skutki. Jeśli obiekt nie jest wystarczająco elastyczny, by poruszać się zgodnie z rytmem fal (a nie przeciw im), cała konstrukcja może się złamać. Powierzchowne uszkodzenia elementów takich jak okna czy ściany, można łatwo naprawić, lecz każde naruszenie wewnętrznej stalowo-betonowej konstrukcji budynku może skończyć się katastrofą.
Gdy przystępowano do projektowania budynku, nie było do końca jasne, jak rozmieszczone są uskoki tektoniczne, domyślano się jedynie, że mogą biec w pobliżu działki. Czołowi tajwańscy geolodzy rozpoczęli serię badań, aby ustalić, gdzie i na jakiej głębokości znajduje się ryft i czy jest aktywny. Okazało się, że 200 m od działki biegnie szeroki na 10 m uskok. Było to poważnym problemem, ponieważ z reguły im obiekt znajduje się bliżej uskoku, tym poważniejszych uszkodzeń doznaje, a jeżeli konstrukcja posiada nawet nieliczne słabe miejsca, może to doprowadzić do jej całkowitego zniszczenia.
Aby Taipei 101 mógł oprzeć się trzęsieniom, projektujący go inżynierowie zaprojektowali potężną konstrukcję. Wewnętrzny rdzeń budynku połączony jest z ośmioma zewnętrznymi kolumnami siecią poziomych odsadnic kratownicowych. Kolumny pełnią rolę kręgosłupa budowli, pozwalając jej w miarę potrzeb odchylać się, ale nie złamać. Każda z sekcji budynku pozostaje niezależna od pozostałych, przenosząc ciężar budowli z partii zewnętrznych w kierunku środka. Pomysł ten wykorzystywano już wcześniej, ale nigdy wspierające kolumny nie osiągnęły takich rozmiarów.